9/11 Kommission

Die FAA habe die Möglichkeit von Selbstmordentführungen nie erwogen und versäumt, Flugpersonal für solche Fälle zu trainieren, Flugverbotslisten zu erweitern, Passagiere zu screenen, Bundesmarshals als Flugsicherheitsbegleiter einzustellen und die Cockpittüren zu verstärken. Man habe die neuartige Bedrohung überhaupt nicht wahrgenommen.
Das Krisenmanagement sei nicht an die Herausforderungen des 21. Jahrhunderts angepasst worden. Aktionsbeamte hätten Zugang zu allem verfügbaren Wissen über Al-Qaida erhalten, Informationen hätten geteilt, Zuständigkeiten klar definiert, die überholte Trennung von Innen- und Außenpolitik überwunden werden müssen. So habe Tenets Befehl vom 4. Dezember 1998, angesichts des Krieges mit Terroristen nicht an Mitteln und Personal zu sparen, kaum Wirkung entfaltet und den Kurs der Geheimdienste nicht verändert. Die Regierung habe keinen Weg gefunden, Informationen zusammenzuführen, danach Pläne für gemeinsame Operationen von CIA, FBI, Außenministerium, Militär und für Sicherheit zuständigen Inlandsbehörden zu entwickeln und deren Durchführung verantwortlichen Autoritäten zuzuweisen.

Verhalten der CIA
Ein Zwischenbericht der 9/11-Kommission beschrieb die Praxis der USA, fehlende Auslieferungsabkommen für festgenommene Terrorverdächtige durch Geheimflüge in die USA oder Drittstaaten zu umgehen. Die Kommission hatte erfolglos versucht, mehr über die Verhöre der CIA an Al-Qaida-Gefangenen zu erfahren. Ihr Bericht versah daher alle Aussagen von Al-Qaida-Gefangenen mit dem Vorbehalt:

„Die Wahrheit über Aussagen dieser Zeugen – eingeschworenen Feinden der USA – festzustellen, ist eine Herausforderung. Unser Zugang zu ihnen wurde auf den Review von Geheimdienstberichten begrenzt, die auf von jenen Orten empfangener Kommunikation beruhen, wo die eigentlichen Verhöre stattfinden. Wir übermittelten Fragen zum Gebrauch in diesen Verhören, hatten aber keine Kontrolle darüber, ob, wann oder wie Fragen von besonderem Interesse gestellt wurden. Auch wurde uns nicht gestattet, mit den Verhörern zu sprechen, um die Glaubwürdigkeit der Häftlinge besser einzuschätzen und Zweideutigkeiten in den Berichten aufzuklären.“

Ernest May erklärte dazu 2005: Die CIA habe der Kommission seines Wissens alle Verhörprotokolle zum 11. September übergeben. Diese habe den anonymisierten Häftlingsaussagen nie vertraut, aber das CIA-Verbot direkter Befragung nicht aufzuheben versucht, wohl da sie selbst aus vielen ehemaligen oder noch tätigen CIA-Beamten bestanden habe.
Der Bericht stellt fest, dass die USA eine Ideologie, nicht nur Individuen bekämpfen müssten, und empfiehlt daher: „Wir sollten ein Beispiel für moralische Führung in der Welt anbieten, uns verpflichten, Menschen human zu behandeln, die Grundsätze der Rechtsstaatlichkeit befolgen, und großzügig und fürsorglich zu unseren Nächsten sein.“ Die USA und manche ihrer Verbündeten akzeptierten derzeit nicht die volle Anwendung der Genfer Konventionen auf gefangene Terroristen. Stattdessen sollten die USA mit befreundeten Staaten die humane Behandlung gefangener Terroristen vereinbaren und sich dabei an Artikel 3 der Genfer Konventionen für bewaffnete Konflikte orientieren. Dieser verbietet grausame und erniedrigende Behandlung und Folter.

Verhalten des FBI
Schon die Joint Inquiry hatte aufgedeckt, dass der FBI-Agent Kenneth Williams verdächtige Flugschüler in Phoenix explizit mit Al-Qaida in Verbindung gebracht hatte. Am 8. Mai 2002 hatte FBI-Direktor Robert Mueller eingeräumt, man hätte die FBI-Warnung intensiver verfolgen müssen. Sie hätte den 9/11-Plan jedoch nicht aufgedeckt, da keiner der verdächtigen Flugschüler daran beteiligt gewesen sei.
Die FBI-Beamtin Coleen Rowley hatte nach Festnahme und Verhör Moussaouis im August 2001 einen Durchsuchungsbefehl für sein Notebook beantragt, war aber abgewiesen worden. Sie widersprach Muellers Behauptung am 21. Mai 2002 in einem dreizehnseitigen Protestbrief, den sie seinem Büro und der Joint Inquiry persönlich überbrachte.

Möglicherweise hätte eine rechtzeitige Überprüfung der Kontakte Moussaouis zur Festnahme zweier weiterer Täter des 11. September geführt. Kollegen und Vorgesetzte hätten ihre Ermittlungen zu Moussaoui gezielt behindert.
Mueller übergab ihren Brief dem Generalinspektor des Justizministeriums, der die Vorwürfe parallel zur 9/11-Kommission gründlich prüfte. Zehn Prüfer führten 226 Befragungen durch und klärten damit unter anderem die Vorgänge um das Phoenix-Memo auf. Der im November 2004 fertiggestellte Bericht wurde nach Abschluss des Strafprozesses gegen Moussaoui 2006 vollständig veröffentlicht. Die 9/11-Kommission lud Rowley als Zeugin vor, ließ sich den Prüfbericht des Generalinspektors zusenden und nahm einen Teil daraus in ihren eigenen Abschlussbericht auf.

Verhältnis Saddam Husseins zu Al-Qaida
Der Abschlussbericht erwähnt Verhöre von gefangenen Terroristen oder Terrorverdächtigen in anderen Staaten (rendition). Eine Fußnote erwähnt Ibn al-Shaykh al-Libi: Dieser Libyer war im Dezember 2001 in Pakistan als mutmaßlicher Leiter eines Al-Qaida-Trainingslagers festgenommen und zu Verhören nach Ägypten ausgeflogen worden. Dort sagte er aus, der Irak habe Al-Qaida-Mitglieder im Bau und Umgang mit Chemiewaffen ausgebildet, widerrief diese Aussage aber im Januar 2004. Die CIA zog daraufhin alle darauf gestützten Berichte zurück.
Am 16. Juni 2004 veröffentlichte die Kommission einen Stabbericht zu Al-Qaida. Danach gab es keine Belege für eine Zusammenarbeit Saddam Husseins mit Al-Qaida, eine Duldung von Al-Qaida-Zellen im Irak oder deren finanzielle oder logistische Unterstützung.

Anfragen Al-Qaidas in den 1990er Jahren, Trainingslager im Irak zu erlauben, habe Saddam abgelehnt oder nie beantwortet. Ein Treffen zwischen Mohammed Atta und einem irakischen Geheimdienstoffizier in Prag habe es nie gegeben. Die dafür angeführten Belege seien irreführend und falsch. Der Abschlussbericht bekräftigte dieses Ergebnis. Er bestätigte damit Aussagen des tschechischen Präsidenten Václav Havel und des CIA-Direktors George Tenet, die den angeblichen Aufenthalt Attas in Prag schon 2002 als unbelegt bestritten hatten. Dennoch hatten Bush und Cheney diese und andere unbelegte Behauptungen Anfang 2003 in den USA zur Rechtfertigung des Irakkrieges wiederholt.
Bush erklärte dazu am 17. Juni 2004, seine Regierung habe nie behauptet, dass der Irak und Al-Qaida die Anschläge gemeinsam geplant hätten. Jedoch habe es viele Kontakte zwischen ihnen gegeben. Saddam habe dem Terroristen Abū Musʿab az-Zarqāwī ein sicheres Rückzugsgebiet geboten. David Corn stellte am 5. Juli 2004 heraus, dass Zarqawi erst ab September 2002 Anführer einer Terrorgruppe im Irak wurde, die gegen Saddam kämpfte und von ihm bekämpft wurde.

Mängel bezüglich Quellen
Vorenthaltene Verhöraufnahmen
Am 6. Dezember 2007 wurde bekannt, dass die CIA 2002 viele Folterverhöre von Al-Qaida-Häftlingen auf Video aufgezeichnet und die Aufnahmen der 9/11-Kommission entgegen deren Anträgen vorenthalten hatte. Jose A. Rodriguez, damals Leiter des National Clandestine Service, ließ im November 2005 mindestens zwei der Videobänder zerstören, die Verhöre von Abu Subaida und Abd al Rashim al Nashiri zeigten.

Daraufhin verfasste Philip Zelikow ein Memorandum der Kommissionsanträge auf Beweismittel an die CIA und deren Reaktionen darauf, das die New York Times am 13. Dezember 2007 veröffentlichte. Danach betraf schon der erste Antrag besonders Verhöre der Personen, deren Aufnahmen später zerstört wurden. Die Kommission hatte explizit alle Arten von für ihre Untersuchung relevanten Dokumenten, Informationen und Materialien beantragt und auch die Übergabe von Material verlangt, das sie nicht spezifisch beantragte. Nach Erhalt von Verhörsberichten hatte sie detailliert nach der Methodik der Verhöre gefragt, um die Zuverlässigkeit der Häftlingsaussagen besser einschätzen zu können. Weil die Antworten der CIA sie nicht zufriedenstellten, hatte sie erfolglos versucht, die Häftlinge selbst befragen zu dürfen. CIA-Vertreter hatten erklärt, man habe alles beantragte Material zur Verfügung gestellt, ohne je die Videobänder zu erwähnen. Ob das eine Straftat war, müsse untersucht werden.