CIA

Waco-Belagerung
Die Belagerung von Waco im Jahr 1993 war eine fehlgeschlagene Razzia des ATF, bei der vier ATF-Agenten und sechs Davidianer getötet wurden. An der anschließenden 51-tägigen Belagerung waren das FBI und das US-Militär beteiligt. Das Gebäude, in dem die Davidianer untergebracht waren, wurde niedergebrannt, wobei 76 von ihnen, darunter 26 Kinder, ums Leben kamen. Timothy McVeigh wurde Berichten zufolge durch den Ausgang dieser Belagerung und den Vorfall in Ruby Ridge motiviert, 1995 den Bombenanschlag in Oklahoma City zu verüben.

Ruby Ridge
Bei der Belagerung von Ruby Ridge im Jahr 1992 kam es zu einer Schießerei zwischen dem FBI und Randy Weaver, weil dieser nicht vor Gericht erschienen war, weil er wegen Waffenbesitzes angeklagt war. Weavers Frau und sein Sohn wurden bei diesem Vorfall von FBI-Schützen getötet. Ein US-Marshal wurde in angemessener Selbstverteidigung erschossen. Die US-Regierung zahlte über 3 Millionen Dollar in einem außergerichtlichen Vergleich und 380.000 Dollar in einem gerichtlichen Vergleich.

==Kontroverse um Wahlkampffinanzierung ==1996
Die Ermittlungen des US-Justizministeriums im Zusammenhang mit der Spendensammlung hatten Beweise dafür erbracht, dass chinesische Agenten vor dem Präsidentschaftswahlkampf 1996 versucht hatten, Spenden aus ausländischen Quellen an das Democratic National Committee (DNC) zu leiten. Die chinesische Botschaft in Washington, D.C., wurde zur Koordinierung der Spenden an das DNC genutzt.
Zusätzlich zu den parteiischen Beschwerden der Republikaner behaupteten einige FBI-Agenten, dass die Ermittlungen zu den Kontroversen um die Geldbeschaffung absichtlich behindert wurden.

Der FBI-Agent Ivian Smith schrieb einen Brief an den FBI-Direktor Louis Freeh, in dem er „mangelndes Vertrauen“ in die Anwälte des Justizministeriums in Bezug auf die Untersuchung der Spendensammlungen zum Ausdruck brachte. Der FBI-Agent Daniel Wehr berichtete dem Kongress, dass die erste leitende US-Staatsanwältin in der Untersuchung, Laura Ingersoll, den Agenten gesagt habe, sie sollten „keine Angelegenheit verfolgen, die mit der Beschaffung von Geldern für den Zugang zum Präsidenten zu tun habe. Die Begründung lautete: ‚So funktioniert der amerikanische politische Prozess‘. Das war für mich ein Skandal“, sagte Wehr. Die vier FBI-Agenten sagten auch, dass Ingersoll sie daran hinderte, Durchsuchungsbefehle auszuführen, um die Zerstörung von Beweismaterial zu verhindern, und dass er den Fall über alle Maßen mikroskopisch genau kontrollierte.

Den FBI-Agenten wurde auch die Möglichkeit verweigert, Präsident Bill Clinton und Vizepräsident Al Gore während der Befragungen durch das Justizministerium in den Jahren 1997 und 1998 Fragen zu stellen, und sie durften nur Notizen machen.

Interne Untersuchungen von Schießereien
Im Zeitraum von 1993 bis 2011 haben FBI-Agenten bei 289 Gelegenheiten ihre Waffen abgefeuert; FBI-interne Untersuchungen ergaben, dass die Schüsse in allen bis auf 5 Fälle gerechtfertigt waren, in keinem der 5 Fälle wurden Menschen verletzt. Samuel Walker, Professor für Strafjustiz an der University of Nebraska Omaha, sagte, die Zahl der Schüsse, die als ungerechtfertigt befunden wurden, sei „verdächtig niedrig“. Im gleichen Zeitraum hat das FBI 150 Menschen verwundet, von denen 70 starben; alle 150 Schüsse wurden vom FBI als gerechtfertigt eingestuft. Auch im Zeitraum von 2011 bis heute wurden alle Schießereien von FBI-Agenten durch interne Untersuchungen als gerechtfertigt eingestuft. In einem Fall aus dem Jahr 2002 in Maryland wurde ein unschuldiger Mann erschossen und später vom FBI mit 1,3 Millionen Dollar entschädigt, nachdem Agenten ihn fälschlicherweise für einen Bankräuber gehalten hatten; die interne Untersuchung ergab, dass die Schießerei aufgrund der Handlungen des Mannes gerechtfertigt war.

Der Fall Whitey Bulger
Das FBI wurde wegen seines Umgangs mit dem organisierten Verbrechen in Boston, Whitey Bulger, kritisiert. Ab 1975 war Bulger als Informant für das FBI tätig. Im Austausch gegen Informationen über das Innenleben der italienisch-amerikanischen Verbrecherfamilie Patriarca ignorierte das FBI seine Organisation weitgehend.
Im Dezember 1994 floh Bulger aus Boston und tauchte unter, nachdem er von seinem ehemaligen FBI-Betreuer einen Hinweis auf eine bevorstehende Anklage nach dem Racketeer Influenced and Corrupt Organizations Act erhalten hatte. 16 Jahre lang blieb er auf freiem Fuß. 12 Jahre lang stand Bulger auf der Liste der zehn meistgesuchten Fahnder des FBI an prominenter Stelle.

Ab 1997 deckten die Medien in Neuengland kriminelle Handlungen von Bundes-, Landes- und lokalen Strafverfolgungsbeamten auf, die mit Bulger in Verbindung standen. Die Enthüllungen waren für das FBI sehr peinlich. Im Jahr 2002 wurde Special Agent John J. Connolly wegen Erpressung verurteilt, weil er Bulger geholfen hatte, sich der Verhaftung zu entziehen. Im Jahr 2008 beendete Special Agent Connolly seine Haftstrafe und wurde nach Florida versetzt, wo er für die Unterstützung bei der Planung des Mordes an John B. Callahan, einem Rivalen von Bulger, verurteilt wurde. Im Jahr 2014 wurde diese Verurteilung wegen eines Formfehlers aufgehoben. Connolly war der leitende Agent bei den Ermittlungen gegen Bulger.

Im Juni 2011 wurde der 81-jährige Bulger in Santa Monica, Kalifornien, verhaftet. Bulger wurde in 32 Fällen wegen organisierter Kriminalität, Geldwäsche, Erpressung und Waffenbesitz angeklagt, darunter auch wegen Mittäterschaft bei 19 Morden. Im August 2013 befanden ihn die Geschworenen in 31 Anklagepunkten für schuldig, wobei er an 11 Morden beteiligt war. Bulger wurde zu zwei aufeinanderfolgenden lebenslangen Haftstrafen plus fünf Jahren verurteilt.

Robert Hanssen
Am 20. Februar 2001 gab das FBI bekannt, dass ein Spezialagent, Robert Hanssen (geb. 1944), verhaftet wurde, weil er von 1979 bis 2001 für die Sowjetunion und später für Russland spioniert hatte. Er verbüßt bis zu seinem Tod am 5. Juni 2023 15 aufeinanderfolgende lebenslange Haftstrafen ohne die Möglichkeit einer Bewährung im ADX Florence, einem Hochsicherheitsgefängnis des Bundes Die Einrichtung befindet sich nicht im Stadtgebiet von Florence, Colorado. Hanssen wurde am 18. Februar 2001 im Foxstone Park in der Nähe seines Hauses in Vienna, Virginia, verhaftet und angeklagt, über einen Zeitraum von 22 Jahren US-Geheimnisse für mehr als 1,4 Millionen US-Dollar in bar und in Diamanten an die UdSSR und später an Russland verkauft zu haben. Am 6. Juli 2001 bekannte er sich vor dem United States District Court for the Eastern District of Virginia in 15 Fällen der Spionage für schuldig. Seine Spionagetätigkeit wurde von der Kommission des US-Justizministeriums zur Überprüfung der Sicherheitsprogramme des FBI als „möglicherweise das schlimmste geheimdienstliche Desaster in der Geschichte der USA“ bezeichnet.